연말정산 의료비 세액공제 15%·700만원 한도, 실손보험금 차감 기준
의료비 450만원을 인정받은 근로자가 세금에서 덜어내는 금액은 67만 5,000원입니다. 총급여 5,000만원에 본인 의료비 200만원과 배우자 의료비 500만원을 쓰고 그중 100만원을 실손보험금으로 돌려받은 경우입니다. 대상은 연말정산을 하는 근로소득자이고 확인해야 하는 시점은 간소화 자료가 열리는 매년 1월 중순입니다.
먼저 밝혀 둘 것이 있습니다. 2026년에 의료비 세액공제가 바뀐 것은 없습니다. 공제율 15%, 난임시술비 30%, 미숙아·선천성이상아 20%, 일반 의료비 연 700만원 한도, 총급여의 3% 문턱은 모두 현행 조문 그대로입니다(소득세법 제59조의4 제2항, 법률 제21221호 2026-01-01 시행 기준 현행). 이 글은 바뀐 제도를 알리는 글이 아니라 매년 같은 자리에서 반복되는 실수를 짚는 글입니다.
자주 어긋나는 곳은 두 군데입니다. 하나는 실손보험금이고 다른 하나는 3% 문턱입니다. 실손보험금은 간소화 자료에서 의료비와 따로 조회되므로 근로자가 직접 빼야 하고 700만원 한도가 없는 의료비라도 3% 문턱은 결국 한 번 적용됩니다. 이 두 가지를 거꾸로 알고 있으면 신고한 공제액이 실제와 크게 어긋납니다.
같은 의료비라도 항목에 따라 15%, 20%, 30%로 갈린다.
의료비 세액공제, 얼마를 돌려받나
의료비 세액공제는 근로소득이 있는 거주자가 기본공제대상자를 위해 지급한 의료비의 15%를 종합소득산출세액에서 빼주는 제도입니다(소득세법 제59조의4 제2항). 항목에 따라 공제율이 갈리는데 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%, 난임시술비는 30%입니다(같은 항 제3호·제4호). 난임시술비에는 시술 과정에서 처방받은 약사법상 의약품 구입비용도 들어갑니다.
여기서 기본공제대상자는 나이와 소득의 제한을 받지 않습니다. 같은 항 본문에 그렇게 적혀 있습니다. 소득이 있어서 인적공제 대상이 되지 못한 배우자나 부모의 의료비도 의료비 세액공제에서는 대상이 될 수 있습니다. 다만 나이와 소득만 풀리는 것이고 뒤에서 볼 생계 요건은 그대로 걸립니다.
쓴 돈 전부가 대상이 되는 것도 아닙니다. 일반 의료비는 총급여액의 3%를 초과하는 금액만 공제대상이 되고 그 금액도 연 700만원까지입니다(같은 항 제1호). 총급여액은 근로소득 수입금액 합계액에서 비과세소득을 뺀 금액이므로(소득세법 제20조 제2항) 3%는 근로소득공제를 하기 전 금액에 곱합니다.
그래서 일반 의료비로 받을 수 있는 세액공제액의 상한은 700만원의 15%인 105만원입니다. 다만 700만원은 "3% 초과분"의 한도이므로 총급여 5,000만원인 사람이 여기에 닿으려면 의료비를 150만원과 700만원을 더한 850만원 써야 합니다. 그리고 이 공제는 거주자가 신청한 경우에 적용됩니다(같은 조 제6항).
| 의료비 | 공제율 | 700만원 한도 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 일반 의료비(기본공제대상자) | 15% | 적용됩니다 | 소득세법 제59조의4 제2항 제1호 |
| 본인·6세 이하·65세 이상·장애인·산정특례 등록자 | 15% | 없습니다 | 같은 항 제2호 |
| 미숙아·선천성이상아 | 20% | 없습니다 | 같은 항 제3호 |
| 난임시술비 | 30% | 없습니다 | 같은 항 제4호 |
한도가 없는 대상의 범위는 국세청 「2025년 귀속 원천징수의무자를 위한 연말정산 안내」에도 같은 내용으로 적혀 있습니다.
700만원 한도가 없는 사람, 그래도 넘어야 하는 3% 문턱
700만원 한도를 적용받지 않는 사람은 소득세법 제59조의4 제2항 제2호에 다섯 갈래로 나옵니다. 본인, 과세기간 개시일 현재 6세 이하인 사람, 과세기간 종료일 현재 65세 이상인 사람, 장애인, 그리고 중증질환자·희귀난치성질환자·결핵환자입니다. 나이 판정 기준일이 서로 다릅니다 — 6세 이하는 1월 1일 현재로 보고 65세 이상은 12월 31일 현재로 봅니다. 연초·연말 생일자는 여기서 결과가 갈릴 수 있습니다.
다섯 갈래 중 마지막 갈래는 병명만으로 판정하지 않습니다. 소득세법 시행규칙 제61조의4는 중증질환자·희귀난치성질환자·결핵환자를 국민건강보험법 시행령 제19조 제1항에 따라 보건복지부장관이 고시하는 기준으로 산정특례 대상자로 등록되거나 재등록된 사람으로 정하고 있습니다. 이 조문 자체는 2018년 3월 21일 전문개정이 마지막 개정이고, 2026년 5월 22일은 이 조문이 담긴 시행규칙 판본의 공포·시행일이지 조문이 그때 바뀐 것이 아닙니다. 진단서에 중증질환이 적혀 있는 것과 산정특례 등록이 되어 있는 것은 다른 일이므로 등록·재등록이 되어 있는지를 먼저 확인해야 합니다.
한도가 갈리는 기준은 금액이 아니라 누구의 어떤 의료비인가이다.
한도가 없다는 것은 3% 문턱이 없다는 뜻이 아닙니다
여기가 가장 많이 틀리는 자리입니다. 제2호에는 단서가 붙어 있습니다.
제1호의 의료비가 총급여액에 100분의 3을 곱하여 계산한 금액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 금액을 뺀다
즉 일반 의료비가 3% 문턱을 채우지 못하면 그 부족분만큼을 한도 없는 의료비에서 깎습니다. 한도가 없는 것은 700만원 한도이지 3% 문턱이 아닙니다. 이 단서는 제2호에만 붙는 것이 아닙니다. 미숙아·선천성이상아 의료비를 규정한 같은 항 제3호에는 제1호·제2호 의료비 합계액이, 난임시술비를 규정한 제4호에는 제1호부터 제3호까지 합계액이 총급여액의 3%에 미달하는 경우 그 미달액을 빼는 같은 단서가 붙어 있습니다(소득세법 제59조의4 제2항 제3호·제4호). 한도가 없는 항목이 한 단계 늘어날 때마다 미달을 판정하는 기준 금액도 그 항목까지 함께 누적됩니다.
총급여 5,000만원인 근로자가 일반 의료비는 한 푼도 없고 본인 의료비만 200만원 쓴 경우를 따라가 보겠습니다. 문턱은 150만원인데 제1호 의료비가 0원이므로 미달액이 150만원 전부입니다. 본인 의료비 200만원에서 150만원을 빼면 공제대상금액이 50만원이 되고 세액공제액은 50만원의 15%인 7만 5,000원입니다. "본인 의료비는 한도가 없으니 200만원의 15%인 30만원"으로 계산하면 네 배로 어긋납니다.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 총급여액 | — | 5,000만원 |
| 3% 문턱 | 5,000만원 × 3% | 150만원 |
| 제1호(일반) 의료비 | — | 0원 |
| 제2호(본인) 의료비 | — | 200만원 |
| 공제대상금액 | 200만원 − (150만원 − 0원) | 50만원 |
| 세액공제액 | 50만원 × 15% | 7만 5,000원 |
실손보험금을 받았으면 그만큼 빼야 합니다
공제대상 의료비는 근로자가 직접 부담하는 비용입니다. 소득세법 시행령 제118조의5 제1항(대통령령 제36343호, 2026-07-01 시행)이 각 호를 열거하면서 괄호로 "제216조의3제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 실손의료보험금은 제외한다"고 못 박고 있습니다. 실손보험금이 3% 문턱 뒤에 빠지는 것이 아니라 애초에 의료비 금액을 정할 때부터 빠집니다. 그래서 계산 순서는 실손보험금 차감이 먼저이고 그다음이 3% 문턱, 마지막이 15% 적용입니다.
차감 대상이 되는 실손보험금은 지급 주체로 정해져 있습니다. 시행령 제216조의3 제7항이 드는 것은 보험업법상 보험회사, 수산업협동조합법·신용협동조합법·새마을금고법상 공제사업자, 군인공제회·한국교직원공제회·대한지방행정공제회·경찰공제회·대한소방공제회, 그리고 우정사업본부입니다. 회사가 들어 준 단체보험에서 나온 돈이 여기에 해당하는지는 그 보험금을 지급한 주체가 누구인지를 보아야 하므로 계약서로 확인할 문제이고 이 글에서 일률적으로 단정할 수 없습니다.
귀속연도를 헷갈리기 쉽습니다. 국세상담센터는 "실손의료보험금 수령액은 보험금 수령의 원인이 된 해당연도 의료비에서 차감합니다"라고 안내합니다. 보험금을 받은 해가 아니라 그 병원비를 지출한 해에서 뺀다는 뜻입니다. 같은 안내는 2025년에 지출한 의료비로 공제를 받고 2026년에 보험금을 받았다면 그 보험금을 공제받은 2025년 의료비에서 차감해 신고해야 한다고 설명합니다. 이미 연말정산을 마쳤다면 5월 종합소득세 신고 때 수정신고를 해야 합니다.
수정신고에 따르는 가산세는 어떻게 되는지에 대한 답도 같은 안내에 있습니다. 국세상담센터는 "보험금을 수령한 연도의 종합소득세 확정신고시까지 수정신고하는 경우에는 가산세가 면제됩니다"라고 안내하는데, 근거는 국세기본법 시행령 제28조 제1항 제3호로 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 면제를 한정하고 있습니다. 앞의 예로 옮기면 2025년 의료비분을 2026년 귀속분 확정신고 기한(다음 해 5월)까지 수정신고하면 가산세가 면제된다는 뜻입니다. 다만 이 면제는 신고만으로 자동 적용되지 않고 같은 조 제2항에 따라 가산세 감면 신청서를 관할 세무서장에게 제출해야 받을 수 있습니다. 이 기한을 넘긴 뒤의 처리는 이 글에서 다루지 않습니다.
간소화 서비스가 이 계산을 대신 해 주지도 않습니다. 국세상담센터의 소득·세액공제 자료 조회 안내는 의료비 항목을 열면 의료비와 실손의료보험금이 각각 조회되고 의료비 금액은 병원이 제출한 내역 그대로여서 보험사에서 환급받은 금액이 차감되지 않은 금액이라고 밝히고 있습니다. 두 숫자가 나란히 있으니 시스템이 알아서 빼 줄 것처럼 보이지만 빼는 것은 근로자가 할 일입니다. 화면 이름은 개편으로 바뀔 수 있으니 "따로 조회되고 직접 빼야 한다"는 구조만 기억해 두면 됩니다.
보전받은 돈이라는 점에서 같이 걸리는 항목이 둘 더 있습니다. 국세청 「2025년 귀속 원천징수의무자를 위한 연말정산 안내」는 본인부담금상한제 사후환급금 수령액이 의료비 세액공제 대상이 아니라고 적습니다. 중점 확인사항에서는 사내근로복지기금이나 국민건강보험공단에서 보전받은 의료비를 제외했는지 확인하라고 요구합니다. 이 두 항목은 조문에 문구가 없고 국세청 안내에 근거가 있습니다.
계산 예시로 보는 공제세액
앞의 순서를 그대로 적용해 보겠습니다. 총급여 5,000만원인 근로자가 본인 의료비 200만원과 배우자 의료비 500만원을 지출했고 배우자 입원분에 대해 같은 해에 실손보험금 100만원을 받았다고 하겠습니다. 배우자는 기본공제대상자이고 65세 이상이 아니며 장애인·산정특례 등록자가 아닌 일반 성인이고, 미용·성형 비용은 없다고 두겠습니다. 이 전제가 필요한 까닭은 배우자가 제2호 대상에 들어가면 배우자 의료비가 3% 초과분과 700만원 한도를 따지는 제1호가 아니라 한도 없는 항목으로 분류되기 때문입니다.
먼저 3% 문턱을 구하면 5,000만원의 3%인 150만원입니다. 배우자 의료비 500만원에서 실손보험금 100만원을 빼면 400만원이 되고 여기서 문턱 150만원을 넘는 250만원이 제1호 공제대상금액입니다. 700만원 한도 안에 있으므로 그대로 들어갑니다. 제2호 계산에서는 제1호 의료비 400만원이 문턱 150만원보다 크므로 단서에 따른 미달액 차감이 없고 본인 의료비 200만원이 전액 대상이 됩니다. 두 금액을 합한 450만원에 15%를 곱하면 세액공제액은 67만 5,000원입니다.
| 단계 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 3% 문턱 | 5,000만원 × 3% | 150만원 |
| 실손보험금 차감 | 배우자 500만원 − 100만원 | 400만원 |
| 제1호 공제대상 | 400만원 − 150만원 (700만원 한도 이내) | 250만원 |
| 제2호 공제대상 | 본인 200만원, 미달액 차감 없음 | 200만원 |
| 공제대상금액 합계 | 250만원 + 200만원 | 450만원 |
| 세액공제액 | 450만원 × 15% | 67만 5,000원 |
실손보험금 차감이 3% 문턱보다 먼저 온다. 순서를 바꾸면 금액이 달라진다.
여기서 실손보험금 100만원을 빼지 않았다면 제1호 공제대상금액이 350만원으로 잡히고 합계가 550만원이 되어 세액공제액이 82만 5,000원으로 나옵니다. 실제보다 15만원을 더 공제받은 것이 되므로 그만큼 뒤에 되돌려야 합니다. 반대로 뒤에서 볼 안경이나 산후조리원 비용을 빼먹으면 받을 수 있었던 공제를 놓칩니다. 두 방향의 실수가 같은 항목에서 함께 나옵니다.
안경·보청기·산후조리원, 놓치기 쉬운 항목
시행령 제118조의5 제1항이 의료비로 인정하는 항목은 병원비와 약값만이 아닙니다.
- 의료법 제3조의 의료기관에 지급한 진찰·치료·질병예방 비용 (제1호)
- 약사법 제2조의 의약품(한약 포함) 구입비용 — 치료·요양 목적일 때 (제2호)
- 장애인 보장구, 그리고 의사·치과의사·한의사 등의 처방에 따라 구입하거나 임차한 의료기기 비용 (제3호)
- 시력보정용 안경·콘택트렌즈, 기본공제대상자 1명당 연 50만원 이내 (제4호)
- 보청기 구입비용 (제5호)
- 노인장기요양보험법 장기요양급여의 실제 지출 본인부담금 (제6호)
- 장애인활동지원급여의 실제 지출 본인부담금 (제6호의2)
- 모자보건법상 산후조리원 비용, 출산 1회당 200만원 이내 (제7호)
안경은 1명당 한도이므로 네 식구가 각각 50만원씩 맞추면 200만원까지 의료비에 산입됩니다. 여기서 헷갈리지 말아야 할 것이 있습니다. 이 200만원은 돌려받는 세금이 아니라 의료비에 더해지는 금액입니다. 다른 의료비와 합쳐 3% 문턱을 넘긴 부분에 15%가 붙어야 실제 세액이 나옵니다. 안경과 콘택트렌즈는 조문이 시력보정용으로 한정하므로 그 목적에 해당하는지부터 확인해야 합니다(국세상담센터 연말정산 의료비 상담사례).
산후조리원 비용은 소득 요건이 없어졌습니다. 2024년 1월 1일 시행 판본까지는 제7호에 "해당 과세기간의 총급여액이 7천만원 이하인 근로자가"라는 요건이 있었는데 2024년 2월 29일 공포된 개정 대통령령에서 이 요건이 삭제됐습니다. 그 개정 부칙 제10조(의료비 세액공제의 대상 확대에 관한 적용례)가 "이 영 시행일이 속하는 과세기간에 지출 또는 지급하는 비용부터 적용한다"고 정했으므로 2024년 과세기간 지출분부터 총급여와 무관하게 출산 1회당 200만원까지 들어갑니다. "2024년 3월부터"로 읽으면 틀립니다 — 적용례 때문에 2024년 1월 지출분도 대상입니다. 같은 개정으로 장애인활동지원급여 본인부담금(제6호의2)도 함께 들어왔습니다.
한도가 붙은 항목과 아예 빠지는 항목을 나눠 두면 빠뜨릴 자리가 줄어든다.
빠지는 항목도 근거가 갈립니다. 미용·성형수술 비용과 건강증진 의약품 구입비용은 시행령 제118조의5 제2항이 직접 제외합니다. 반면 외국 소재 의료기관에 지출한 비용과 간병인에게 지급한 비용은 조문에 제외 문구가 없습니다. 국세청 안내가 공제대상이 아니라고 밝히는 항목입니다. 근거의 층이 다르므로 조문을 찾아도 안 나온다고 해서 공제가 되는 것으로 읽으면 안 됩니다.
누구 의료비까지 되나, 언제 지출한 것까지 되나
앞에서 본 "나이와 소득의 제한을 받지 아니한다"는 문구가 모든 요건을 풀어 주는 것은 아닙니다. 풀리는 것은 나이와 소득 두 가지이고 기본공제대상자 판정에서 생계를 같이 해야 한다는 요건은 그대로 남습니다. 여기서 부모와 형제자매의 결과가 갈립니다.
소득세법 제53조 제3항은 직계존속이 주거 형편에 따라 별거하는 경우에도 생계를 같이 하는 사람으로 봅니다. 그래서 따로 사는 부모의 의료비를 근로자가 부담했다면 대상이 될 수 있습니다. 반면 형제자매에 대해서는 그런 규정이 없습니다. 국세청은 "주민등록표상 주소지에 같이 거주하면서 생계를 같이 하는 형제자매"의 의료비를 지출했다면 나이와 소득에 관계없이 공제받을 수 있다고 답합니다. 따로 사는 부모는 되지만 따로 사는 형제자매는 안 된다는 뜻입니다. 다만 취학·질병의 요양이나 근무상·사업상 형편으로 일시 퇴거한 경우는 생계를 같이 하는 것으로 봅니다(같은 조 제2항). 이 경우 공제를 받으려면 소득세법 시행령 제114조 제2항에 따라 일시퇴거자 동거가족상황표에 증명서류를 첨부해 원천징수의무자 또는 납세지 관할세무서장에게 제출해야 합니다. 취학으로 일시 퇴거했다면 학교의 장이 발행하는 재학증명서, 질병의 요양이라면 의료기관의 장이 발행하는 요양증명서, 근무라면 근무처의 장이 발행하는 재직증명서가 첨부 대상입니다.
맞벌이 부부는 몰아주기가 되지 않습니다. 배우자 의료비는 지출한 근로자 본인이 공제받고 자녀 의료비는 국세청 안내대로 자녀에 대한 기본공제를 받는 사람이 지출한 경우에만 그 사람이 공제받습니다. 그래서 자녀 기본공제를 받지 않는 배우자의 카드로 자녀 병원비를 결제하면 양쪽 모두 공제받지 못하는 결과가 나옵니다. 자녀 기본공제를 누가 받을지 먼저 정하고 그 사람이 지출하도록 맞추는 편이 안전합니다.
지출 시기에도 선이 있습니다. 국세청은 근로제공기간에 지출한 의료비만 공제받을 수 있고 취업 전과 퇴직 후에 지출한 의료비는 공제받을 수 없다고 안내합니다. 다만 근로제공기간에는 휴직기간이 포함되므로 휴직 중에 쓴 의료비는 대상이 됩니다. 연중에 입사하거나 퇴사한 해에는 병원비 영수증의 날짜부터 확인해야 합니다.
표준세액공제 13만원과 비교할 때
특별소득공제·특별세액공제·월세액세액공제를 신청하지 않으면 표준세액공제 연 13만원이 적용됩니다(소득세법 제59조의4 제9항 제1호). 여기서 자주 나오는 단순화가 "의료비가 적으면 13만원 받는 게 낫다"인데 이 비교는 대상을 잘못 잡은 것입니다. 13만원과 견주는 것은 의료비 하나가 아니라 건강보험료·고용보험료·주택자금 같은 특별소득공제까지 포함한 특별공제 묶음 전체입니다.
다만 견줄 때 주의할 점이 있습니다. 특별소득공제는 과세표준을 줄이는 소득공제이고 표준세액공제는 산출세액에서 직접 빼는 세액공제이므로 두 공제의 금액을 그대로 견줄 수는 없습니다. 그래서 의료비가 3% 문턱에 미달한다고 해서 표준세액공제로 넘어가는 것이 유리하다고 보기 어렵고, 두 갈래를 견주려면 특별공제 항목을 전부 합산한 뒤 비교해야 합니다(국세상담센터 표준세액공제 안내).
정리
의료비 세액공제는 총급여액의 3%를 넘는 금액에 15%가 붙습니다. 미숙아·선천성이상아는 20%, 난임시술비는 30%이고 일반 의료비는 연 700만원 한도라 최대 105만원입니다.
본인·6세 이하·65세 이상·장애인·산정특례 등록자의 의료비는 700만원 한도가 없지만 3% 문턱은 그대로 걸립니다. 일반 의료비가 문턱에 미달하면 그 미달액을 한도 없는 의료비에서 뺍니다.
실손보험금은 간소화 자료에서 따로 조회되므로 근로자가 직접 빼야 하고, 받은 해가 아니라 그 병원비를 지출한 해에서 뺍니다. 안경 1명당 50만원과 산후조리원 출산 1회당 200만원은 챙기지 않으면 그대로 빠지는 항목입니다.
근거와 참고
- 국가법령정보센터 — 소득세법 (제59조의4·제53조·제20조, 법률 제21221호 2026-01-01 시행 기준 현행)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 시행령 (제118조의5·제216조의3, 대통령령 제36343호 2026-07-01 시행)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 시행규칙 (제61조의4, 조문은 2018-03-21 전문개정 · 이용 판본은 2026-05-22 공포·시행)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 시행령 (제28조 제1항 제3호, 대통령령 제36125호 2026-02-27 시행)
- 국세청 — 「2025년 귀속 원천징수의무자를 위한 연말정산 안내」 (PDF)
- 국세청 — 의료비·보험료 세액공제 안내
- 국세상담센터 — 연말정산 의료비 상담사례
- 국세상담센터 — 소득·세액공제 자료 조회(실손의료보험금 별도 조회)
- 국세상담센터 — 표준세액공제
이 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사안에 대한 세무·법률 자문이 아닙니다. 실제 신고·계약 전에는 세무사·법무사 등 전문가와 상담하시기 바랍니다.